突袭世界的大年夜多难难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本觉得能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的庞大年夜生物与军队交火。乞助告急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所管辖的NERV总部。但迎接真嗣的，倒是是父亲刻毒地呼吁：驾驶称为“EVA”的庞大年夜人型机械人与使徒战争。本已暗示拒尽的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决议顺服父亲的呼吁。就多么，从未受过作战操练的真嗣，预备驾驶EVA初号机迎战使徒。不连续袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日喷喷鼻·兰格蕾，14岁的少年要面对远超本身才干的应战。而碇元渡不动声地不雅不雅不雅察一切，一个称为“人类补完筹算”的奥妙筹算正在遵照他的筹算完成。